同月に取得・喪失した方は
健康保険料・厚生年金保険料ともに1か月分徴収されます。

しかし、厚生年金保険料につきましては
退職者が退職後に、同月内に国民年金の加入手続きをするか、
または、転職し同月内に厚生年金に再び加入すれば、会社が徴収し、納付した保険料は還付されることになりました（Ｈ27.10～）。

還付される場合には、後日管轄の年金事務所から通知書が届き、
還付請求書を提出することによって還付処理が行われます。
還付される保険料は、会社負担分と従業員負担分の両方が会社へ返金されますので、退職した従業員へは会社から返金しなければなりません。

実務的には、厚生年金保険料の還付が不確実であること、
また、健康保険料については、これまで同様還付されることがないことから、
本人からはいったん徴収しておいて、年金事務所から該当通知があった場合に厚生年金保険料の還付分のうち、
当該退職者が負担した分を返金するかたちで、運用されるのがよろしいのではないかと思います。